Το Miitopia βρίσκεται στο φανταστικό βασίλειο όπου ο Miis ζούσε ειρηνικά, έως ότου ο Σκοτεινός Άρχοντας πήρε σχεδόν τα πρόσωπα όλων, και τα έβαλε σε τέρατα που περιφέρονται στη γη . Ο πρωταγωνιστής πρέπει να συνεργαστεί με ένα καστ χαρακτήρων που θα δημιουργήσει για να νικήσει τα τέρατα και να σώσει τα πρόσωπα των κατοίκων της Miitopia, πριν αντιμετωπίσει τον ίδιο τον Dark Lord.