Το Cotton Fantasy παίζει πολύ όπως τα προηγούμενα παιχνίδια της σειράς, με τα συστήματά του να μεταφέρονται κυρίως από το Cotton Reboot! . Εκτός από τα παραδοσιακά στάδια πλάγιας κύλισης, το παιχνίδι έχει επίσης επίπεδα πίσω όψης στις ράγες παρόμοια με το Panorama Cotton και το Rainbow Cotton . Ο μηχανικός του Jewel Fever από το Reboot ανακατασκευάστηκε, με τα αντικείμενα πλέον να πέφτουν από τους εχθρούς κάθε φορά που τους χτυπούν μαγικά ξόρκια.